Музеј на Старата скопска чаршија Основан е со задача да ја прикаже историјата, културната вредност и занаетите во чаршијата. Поставката на музејот се состои од археолошки, историски дел, уметничка галерија и етнолошки дел. Во археолошкиот дел се прикажани предмети, добиени како резултат на археолошките истражувања спроведени на просторот на чаршијата и на тврдината Кале, кои се однесуваат на периодот од средниот век до отоманското време. Најзастапени од овој период се монетите и предметите изработени од керамика, коишто сведочат за разновидната трговија и култура на просторот на чаршијата. Историскиот дел бил отворен во 1985 година и во него се изложени фотографии, карти, табеларни прегледи и планови, кои сведочат за развитокот на чаршијата низ историјата. Во уметничката галерија се прикажани уметнички дела од познати македонски сликари, на кои се прикажани мотиви од чаршијата. Така, изложени се слики од уметници од првата генерација на македонски сликари, како што се: Никола Мартиноски, Димитар Пандилов, Томо Владимирски и Вангел Коџоман; но и дела од некои современи македнски уметници, како: Родољуб Анастасов, Петар Мазев и Душан Перчинков. Етнолошкиот дел е наменет за прикажување на животот во чаршијата низ историјата, преку претставување на најшироко распространетите занаети, меѓу кои се врбојуваат: кујунџискиот, терзиско-срмаџискиот, папуџискиот и ѓурчиско-кожуварскиот занает.
Музејот во манастирскиот комплекс на црквата „Свети Спас“ Стара скопска чаршија, Општина Гази Баба, Во центарот на дворот на црквата се наоѓа гробот на македонскиот револуционер, Гоце Делчев. За моштите на Гоце Делчев се знае дека од 1917 година од селото Баница се преместени во Софија каде се чувале се до втората светска војна кога се преместени во Македонија. Моштите пристигнале во Скопје на 10-ти Октомври 1946 година и на празникот 11-ти Октомври биле свечено положени во камениот ковчег. Музејот посветен на Гоце Делчев е свечено отворен во 1998 година и во него има постојана поставка посветена на животот и револуционерното дело на Делчев. Музејот е поделен на четири тематски целини, а значајно да се напомене е оригиналното ковчеџе изработено во резба со кое моштите биле пренесени од Софија во Скопје. 1990 од Ленинград во Скопје се донесени моштите на Димитрија Чуповски и истите се положени во црквата “Свети Спас”.