Во 1987 година се изгради новата терминална зграда на местото на стариот аеродром со забележително поголем капацитет. Во временскиот период 1993-95 година се заврши надворешната реконструкција и проширување. Аеродромот е реконструиран во 2011 година, кога е пуштена во употреба нова терминална зграда на површина од 40.100м2, со шест авиомостови кон авионите и 23 места за чекирање. На приземјето од новиот објект се наоѓа неколку штандови на авионски и рент-а-кар компании и угостителски објект. Изградени се пристапни патишта кон овој објект и паркинг со капацитет од 1.300 возила, а постојната писта е проширена за 500 метри на југ. Со модернизацијата, аеродромот има капацитет за 4,3 милиони патници годишно. Со меѓународните аеродроми во Скопје управува турската компанија ТАВ. Во избор од околу 400 аеродроми од 95 држави, на Airport Service Quality Awards – награди и признанија кои се доделуваат од 2006 година на најдобрите аеродроми во светот, аеродромот во Скопје беше прогласен за еден од најдобрите аеродроми со 2 до 5 милиони патници годишно. Истовремено, аеродромот е прогласен и за еден од најчистите и еден од најпријатните.
