Освен трите поголеми езера, во Република Македонија има 40-тина мали глацијални природни езера, сместени на високите планини, на височина од 1600 м до 2500 м. Најмногу ги има на Шар Планина (18), потоа на Кораб со Дешат и Крчин (12), Јабланица (4), Стогово (3), Пелистер (2) и Јакупица (2). Овие езера иако се мали, доста се атрактивни заради положбата и изгледот. Едно од најубавите е Големото Езеро на Пелистер, на височина од 2218 м, кое е најдлабоко (15 м), најпровидно и најпосетено глацијално езеро во Македонија. Најголемо пак е Боговинско Езеро на Шар Планина, долго 450 м (ЈЗ-СИ), а широко 210 м (СЗ-ЈИ). Во карстните подрачја на нашата земја, како раритетни и уникатни се утврдени шест мали природни езерца во пештерите (Алилица, Слатински Извор, Ѓоноица, Бела Вода и др.), и неколку карстни езера во карстните полиња (Тони Вода на Бистра и др.). Едно езеро кај Кавадарци е создадено со природно слизнување на земјиште (Моклишко Езеро), а слично такво е создадено и во Дебарца (Требенишко Езеро). Покрај наведените има и шест мочуришни езерца (Катлановско, Издеглавско, Стењско и др.), неколку крајречни меандерски езера покрај реката Вардар низводно од Скопје и прекрасното изворско езерце покрај Охридското Езеро кај Св. Наум. Покрај нив, специфични и многу интересни се двете мали денудациони езерца во изумирање на самото било на планината Козјак над с. Страцин и слично на нив Кундинско Езеро кај с. Кундино-Пробиштипско.
